倉儲保稅貨物的報關管理可以分為進庫報關管理和出庫報關管理。

(一)進庫報關

貨物在保稅倉庫所在地進境時，除易制毒化學品、監(jiān)控化學品、消耗臭氧層物質外免領許可證件，由收貨人或其代理人辦理進口報關手續(xù)，海關進境現(xiàn)場放行后存入保稅倉庫。

貨物在保稅倉庫所在地以外其他口岸入境時，經(jīng)海關批準，收貨人或其代理人可以按照轉關運輸?shù)膱箨P程序辦理手續(xù)；也可以直接在口岸海關辦理異地傳輸報關手續(xù)。

(二)出庫報關

保稅倉庫貨物出庫可能出現(xiàn)進口報關和出口報關兩種情況。保稅倉庫貨物出庫視情況可以單批報關，也可以集中報關。

1．進口報關

(1)保稅倉庫貨物出庫用于加工貿(mào)易的，由加工貿(mào)易企業(yè)或其代理人按加工貿(mào)易貨物的報關程序辦理進口報關手續(xù)；

(2)保稅倉庫貨物出庫用于可以享受特定減免稅的特定的區(qū)域、特定企業(yè)和特定用途的，由享受特定減免稅的企業(yè)或其代理人按特定減免稅貨物的報關程序辦理進口報關手續(xù)；

(3)保稅倉庫貨物出庫進入國內(nèi)市場或用于境內(nèi)其他方面，由收貨人或其代理人按一般進口貨物的報關程序辦理進口報關手續(xù)。

2．出口報關

保稅倉庫貨物出庫轉口或退運，由保稅倉庫經(jīng)營企業(yè)或其代理人按一般出口貨物的報關程序辦理出口報關手續(xù)，但免納出口稅，免交驗出口許可證件。

3．集中報關

保稅貨物出庫批量少、批次頻繁的，經(jīng)海關批準可以辦理定期集中報關手續(xù)。